制藥業廣泛采用真空泵，主要用于以下工藝流程：
真空干燥
干燥是成本低、溫度相對較低的處理程序，通過降低真空度從固體中蒸發出液體，生物成分或活性成分不被損壞/降效/氧化。對醫用/生物產品進行干燥，除去溶劑和水等，并特別要求較終干燥部的真空度低于1 torr。干燥后，所剩部分為顆粒狀配制品，壓成藥片。所剩潮濕水平較低，可以使產品的儲存期延長。
真空蒸餾
蒸餾就是將兩種及以上具有不同溫度、壓力、成分和相態的層面或部分分離開來。隨著蒸餾塔趨向均衡，各部分具有不同的濃度，可以從混合物種分離出來。蒸餾塔提供將不同液體成分分離開來的氣壓，通過改變真空度和溫度進行分離。
真空除氣
除氣就是除去溶解/滯留在液體或產品中的氣體。真空裝置可以從液體中去除氣體，提高其物理性能，改善產品質量進行進一步處理，并避免交叉污染或腐蝕。
晶化或汽化
晶化就是對過度飽和的液體進行蒸發和冷卻，形成晶體。這些晶體方便用來攜帶、儲存和銷售。對于這種應用，水環式真空泵是理想的選擇，可以用來在所有壓力范圍內控制蒸發/冷卻速度，通過降低液體沸點來降低生產成本。
加注和/或材料轉移
乳狀物和膏狀物體注入管路等時，需要排出里面的空氣。這可以通過加注機上的小型液環泵或者旋轉葉輪泵來完成。采用真空泵將液體加入箱體內，然后通過壓縮機將其排出，這樣就實現了液體的轉移。